De acordo com o Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica, com sede no Instituto Butantan, o nucleo identificou pela primeira vez no Brasil a sublinhagem BN.1 da variante ômicron do novo coronavírus. A variante foi identificada em uma moradora de 38 anos da cidade de São Paulo no último dia 27 de outubro. 
Segundo o centro, a Organização Mundial da Saúde (OMS) não considera a BN.1 uma variante de grande preocupação, mais transmissível, e, por isso, não deve provocar impacto significativo no número de casos no estado de São Paulo.
A variante BN.1 teve a primeira identificação no sistema Pango de linhagens do Sars-CoV-2, na Índia, em 28 de julho. Atualmente, é encontrada principalmente nos Estados Unidos, que registrou 16% de todas as amostras de BN.1 encontradas no mundo. Além disso, no Reino Unido 15% dos casos de covid-19 no país pertence a variante, na Áustria, 14%, na Austrália, 14%, e na Índia 11%.
Além da BN.1 circulam no estado outras sublinhagens da Ômicron, como a XBB.1 e CK.2.1.1. Contudo, as variantes não demonstram força para sobrepor a BQ.1.1. Que atualmente é uma das responsáveis pela nova onda de contaminações no Brasil e em outras partes do mundo.